农业农村部杂粮加工重点实验室依托于原国家杂粮加工技术研发分中心。实验室主要围绕杂粮优质专用品质的选育与高产栽培、杂粮精深加工与产业化示范、杂粮营养作用机制等方面开展多学科交叉性研究。自2016年试运行立项以来，获得农业农村部能力提升建设项目1058万元资助，同时学校高度重视，给予近3000万元的配套经费，大幅提高了实验室软硬件水平。目前实验室面积2400平米，固定与流动人员36名，其中四川省学术与技术带头人3人，后备人选6人；国家农业产业技术体系岗位专家1人，农业农村部“神农英才”计划1人，四川省“天府峨眉计划”人才1人，全球ESI前2%顶级科学家1人。具博士学位人员比例达74%以上，形成了一支老中青、学历、学科搭配合理的研究团队。

农业农村部杂粮加工重点实验室将营养健康产业与扶贫工作高度融合，先后主持了60余项国家、省市级相关重大项目，包括科技部国际合作专项、国家自然科学基金、国家科技支撑计划、科技部重点研发项目、现代农业产业技术体系专项、农业部公益性项目、四川省重点研发项目等，年平均科研到账经费800余万元。近年来，在国家各大项目的资助下，围绕“杂粮全产业链”研究模式，实验室取得了一系列国内外公认的研究成果，奠定了在本领域稳定的学术地位。近年来发表论文300余篇，其中SCI收录200余篇。授权专利50余项，编写荞麦、藜麦等杂粮专著7部，选育苦荞新品种9个。其中“西荞1号”是课题组采用物理诱变加化学诱变处理选育出的高产、优质、抗逆的苦荞新品种，2001年通过国家品种委员会审定，在四川、云南、贵州等6省区推广使用，取得了显著的社会经济效益，引起世界荞麦界的关注和高度评价。主持选育的 “米荞1号”，是世界上首个获得种壳薄、易脱壳、生物黄酮含量高等优点的苦荞新品种，2009年通过四川省品种委员会审定，受到国内外有关专家的高度认可。

重点实验室注重成果转化与应用，近年来与四川环太实业有限公司、西昌正中食品有限公司、四川爱达乐食品有限责任公司、燕之坊食品有限公司等20余家杂粮知名企业紧密合作，创新开发杂粮产品50余项，新建杂粮生产线10余条，研发成果得到良好转化应用。开发的苦荞茶系列、苦荞酒系列以及苦荞面条、糕点等深受消费者喜爱。近年来获得全国工商业联合会特等奖1项、四川省科技进步一等奖2项、二等奖3项、三等奖5项，有力推动了杂粮产业发展，对乡村振兴及健康中国战略实施均有重要意义。